中国科学技术信息研究所每年出版的《中国科技期刊引证报告》(核心版)发布中国科技论文与引文数据库( CSTPCD)收录的中国科技核心期刊的二十余项文献计量指标,并从1999年开始以此为基础,研制了中国科技期刊综合评价指标体系,采用层次分析法,由专家打分确定了重要指标的权重,并分学科对每种期刊进行综合评定。2002年公布了第一届中国百种杰出学术期刊名单,自此之后,连续每年公布中国百种杰出学术期刊。近年来,以期刊评价为主题先后召开了三十余次不同学科、不同层面的专家研讨会。2019年根据指标体系实施应用以来我国学术期刊的变化趋势和实际状况,修订了期刊指标体系,对指标权重进行了重新核定。
2015年根据中国科技核心期刊分类体系的细分调整,自然科学领域共设立112个学科分类,不是每个学科分类都能产生百种杰出学术期刊。遴选过程中,择优选择各学科类别中最重要的期刊作为杰出学术期刊,同时考虑到不同学科的性质和期刊规模,适当调整学科间分配的比例。最终评选出2018年中国百种杰出学术期刊100种。
期刊名单见：
CELL RESEARCH ZOOLOGICAL RESEARCH 北京大学学报医学版 北京大学学报自然科学版 北京师范大学学报自然科学版
兵工学报 材料导报 测绘学报 大气科学 地理学报
地球物理学报 地学前缘 地质学报 电子学报 动力工程学报
动物营养学报 分析试验室 辐射研究与辐射工艺学报 工程力学 管理世界
光谱学与光谱分析 航空学报 湖泊科学 华西口腔医学杂志 化工学报
化学学报 环境科学 机械工程学报 计算机学报 建筑结构学报
交通运输工程学报 金属学报 科学通报 控制与决策 昆虫学报
林业科学 临床肝胆病杂志 煤炭学报 南方医科大学学报 农业工程学报
软件学报 生态学报 生物多样性 石油勘探与开发 石油学报
食品科学 数理统计与管理 水产学报 水利学报 通信学报
微生物学报 物理学报 西北农林大学学报自然版 岩石力学与工程学报 岩石学报
仪器仪表学报 园艺学报 植物保护 植物生态学报 中国安全科学学报
中国病理生理杂志 中国电机工程学报 中国感染与化疗杂志 中国激光 中国矫形外科杂志
中国康复医学杂志 中国矿业大学学报 中国农业科学 中国全科医学 中国药理学通报
中国医院管理 中国针灸 中国中西医结合杂志 中国中药杂志 中国肿瘤
中国组织工程研究 中华儿科杂志 中华耳鼻咽喉头颈外科杂志 中华放射学杂志 中华放射医学与防护杂志
中华妇产科杂志 中华骨科杂志 中华护理杂志 中华流行病学杂志 中华泌尿外科杂志
中华内分泌代谢杂志 中华内科杂志 中华神经科杂志 中华生殖与避孕杂志 中华外外科杂志
中华消化外科杂志 中华心血管病杂志 中华血液学杂志 中华眼科杂志
中华眼科杂志 中华医学杂志 中华医学杂志 中华预防医学杂志 中华预防医学杂志
